Γεννήθηκε στις 23 Δεκεμβρίου του 1928, στην Καρωτή, ένα χωριό κοντά στο Διδυμότειχο. Γιος του ιερέα Χρήστου και της Χρυσάνθης Αηδονίδη, είναι ο δεύτερος από τα πέντε αδέλφια του. Στο χωριό του, στην Καρωτή, πέρασε τα παιδικά και εφηβικά του χρόνια κι εκεί έμαθε τα πρώτα του τραγούδια και μυήθηκε στον κόσμο της παραδοσιακής μουσικής, πρώτα από τη μητέρα του, που γνώριζε τα περισσότερα τραγούδια της Θράκης κι έπειτα απ’ τους πλανόδιους μουσικούς.
Μαθητής ακόμα, διδάχθηκε βυζαντινή μουσική από τον πατέρα του και μετά από τον δάσκαλο Μιχάλη Κεφαλοκόπτη και ολοκλήρωσε αργότερα τις σπουδές του στη βυζαντινή μουσική, στην Αθήνα, στο Ελληνικό Ωδείο, κοντά στον Θεόδωρο Χατζηθεοδώρου.
Αργότερα διορίστηκε ως κοινοτικός δάσκαλος στα Πετρωτά Ροδόπης προς τις ακτές του Αιγαίου. Το 1950 βρέθηκε στην Αθήνα και εργάστηκε στο Σισμανόγλειο Νοσοκομείο ως λογιστής.
Το 1953 γνώρισε τον λαογράφο Πολύδωρο Παπαχριστοδούλου, ο οποίος του πρότεινε να συμμετέχει στην εκπομπή του «Θρακικοί Αντίλαλοι», στο κρατικό ραδιόφωνο. Διστακτικός στην αρχή ο Χρόνης Αηδονίδης εντέλει αποφάσισε να λάβει μέρος στην προσπάθεια διάσωσης της ελληνικής μουσικής παράδοσης.
Από τότε και με τη βοήθεια του Πολύδωρου Παπαχριστοδούλου, άρχισε να παίρνει μέρος στις εκπομπές του, συμμετέχοντας πολύ σύντομα ως μονωδός στη Χορωδία του Παντελή Καββακόπουλου. Αργότερα συμμετείχε και στη χορωδία του Σίμωνα Καρά, ενώ από το 1957 ανέλαβε τακτική εβδομαδιαία εκπομπή στο ραδιόφωνο, προβάλλοντας το μουσικό θησαυρό της πατρίδας του, της Θράκης. Ήταν η πρώτη φορά που τα Θρακιώτικα τραγούδια ακούγονταν σε όλες τις περιοχές της Ελλάδας.
